厦门、漳州、泉州地区的企业若要申请GJB9001C认证，即国军标质量管理体系认证，通常需要遵循以下流程：

1. **准备阶段**：

   - 组建认证团队，进行内部培训，使团队成员了解GJB9001C标准的要求和认证流程。

   - 根据标准要求，编制企业的质量管理体系文件，包括质量手册、程序文件、作业指导书等。

2. **体系建立与运行**：

   - 建立质量管理体系，并按照体系文件要求运行，确保体系的有效性和稳定性。

   - 进行内部审核，评估质量管理体系的符合性和有效性，准备审核记录和报告。

3. **申请认证**：

   - 向具有GJB9001C认证资质的认证机构提交认证申请，附上相关证明材料，如企业资质证书、质量管理体系文件等。

4. **合同签订**：

   - 认证机构审核申请材料，确认企业符合基本条件后，双方签订认证合同。

5. **审核准备**：

   - 企业根据认证机构的要求，准备审核所需的各种材料和数据。

6. **现场审核**：

   - 认证机构组织专家团队到企业进行现场审核，现场审核通常分为两个阶段：

     - 第一阶段审核质量管理体系文件和初步了解体系运行情况。

     - 第二阶段进行更深入的现场审核，可能包括与军方用户的座谈等。

7. **审核后续**：

   - 如果审核通过，认证机构将颁发GJB9001C认证证书。

   - 若有不符合项，企业需按要求进行整改，直至满足标准要求。

请注意，具体的流程和要求可能会根据认证机构的不同以及企业自身的实际情况有所变化。企业应与认证机构保持紧密沟通，确保所有步骤都正确无误地完成。此外，企业还应该关注最新的认证政策和标准更新，以确保申请过程的顺利进行。